La comunitat jueva s'autogovernava i autoadministrava a través de l'organisme comunitari anomenat Aljama i les relacions amb els cristians van experimentar nombrosos alts i baixos depenent de l'època en què vivien. Hi havíen moments pacífics, amb contactes estrets en el camp econòmic i cultural, però també en altres moments els jueus van ser marginats i atacats pels cristians.

En els segles XII i XIII la comunitat jueva va assolir el seu moment d' esplendor. Es van formar l'Escola de Càbala més important de l'Occident Medieval, i la ciutat era coneguda amb el nom de "Ciutat Mare d'Israel". A Girona habitaven grans filòsofs jueus com Azriel, Esdres, Ionà ben Abraham, Nissim Reuben Gerondí i Messulam ben Selomó de Piera, però la figura més gran, la més representativa de la cultura i la ciència va ser Mossé ben Nahman, també conegut com Ramban o Nahmànides, i segons alguns, Bonastruc ça Porta.

Durant aquests mateixos segles es van edificar construccions romàniques, que es van expandir durant el gòtic creant l'anomenat Casc vell històric, un punt de referència clau per conèixer la història de la ciutat. En el s.XIV, Girona era la segona ciutat de Catalunya per`p el Mal Any Primer, el 1333, la Pesta Negra, el 1348, i l'assalt al call, l'any 1391, van fer estralls en la població. Durant els segles XV, XVI i XVII les fortificacions van créixer i les muralles eren part habitual del paisatge gironí essent molt important en la guerra contra Joan II, 1462-1472, i es van acabar les obres de la muralla de Mercadal. A finals del s.XVII, la Guerra dels Segadors i les continues guerres amb França van tornar la incertesa al futur de la ciutat.

El 1705 Girona es pronuncia a favor de l'alçament de l'arxiduc Carles d'Austria però finalment va guanyar Felip V que va reestructurar tant social com políticament la zona i va ser nomenada capital del corregiment. La Guerra Gran, el 1793, va fer de Girona un camp de batalla, centre neuràlgic de les tropes catalanes.

Girona va ser un baluard defensiu de Catalunya davant les invasions franceses, i va patir molts setges i esdevingué mítica la seva resistència en la guerra contra Napoleó (1808 - 1809).

Amb el segle XX, l'arribada de la indústria de principis i la forta onada d'immigració dels anys cinquanta i seixanta, han fet créixer enormement el cens poblacional, essent avui en dia un indret clau per conèixer la nostra història i una marca de progrés cap el nou milenni.